HjemEmner

BIN420 Bioinformatikk for funksjonell meta-omikk

Studiepoeng:5

Ansvarlig fakultet:Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap

Emneansvarlig:Torgeir Rhodén Hvidsten

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Engelsk

Antall plasser:15

Frekvens:

Undervises i desember 2024.

Deretter: kontakt emneansvarlig.

Forventet arbeidsmengde:

Forelesninger 10 timer

Computer øvinger 25 timer

Selvstudium 90 timer

Undervisnings- og vurderingsperiode:Høstparallell

Om dette emnet

Mikrobielle samfunn har stor innvirkning på naturen og i industrielle prosesser. De utgjør det største nivået av biologisk mangfold, noe som er nødvendig for deres funksjon og rolle. Vår forståelse av denne biologien er begrenset fordi brorparten av mikrobene ikke kan dyrkes. Vi er derfor avhengig av moderne sekvensering og tilhørende bioinformatiske metoder for å kunne studere disse samfunnene. Dette emnet introduserer, utforsker og vurderer ulike teknologier og bioinformatiske verktøy for slike studier. Vi vil fokusere på metoder for å studere strukturen (metagenomikk, genom-rekonstruksjon) og funksjonen (metatranskriptomikk, metaproteomikk) i slike samfunn.

Dette lærer du

KUNNSKAP

  • Evne til å designe eksperimenter og velge passende metoder og programvare
  • Forklare populasjonsstrukturen i et mikrobielt samfunn

FERDIGHETER

  • Utføre og vurdere assembly og taksonomisk gruppering og tolke resultatene
  • Kombinere data fra ulike omikk-teknologier med tanke på funksjon hos det mikrobielle samfunnet

GENERELL KOMPETANSE

  • Forklare og forstå hva som er begrensingene i metodene

  • Intensivt emne over en uke, samt en prosjektrapport som skrives i etterkant. Hver undervisningsdag består av:

    • to en-timers forelesninger
    • en fem-timers computer-lab under veiledning
  • Canvas
  • Vil spesifiseres ved emnets start

  • Master i bioinformatikk, eller beslektet tema.

    Må kunne UNIX på brukernivå og ha kjennskap til programmering (Python og/eller R).

    Grunnleggende kjennskap til mikrobiologi er også nødvendig.

  • Et prosjekt der hver student leverer en skriftlig oppgave (teller 100 %).

    Oppgave Karakterregel: Bestått/ Ikke bestått
  • Rapportene vil evalueres av en ekstern sensor

  • En uke undervisning:

    • 2 forelesninger per dag (1 time hver)
    • 1 dataøving per dag (5 timer)
  • Realfag