BIN420 Bioinformatikk for funksjonell meta-omikk
Studiepoeng:5
Ansvarlig fakultet:Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap
Emneansvarlig:Torgeir Rhodén Hvidsten
Campus / nettbasert:Undervises campus Ås
Undervisningens språk:Engelsk
Antall plasser:15
Frekvens: Undervises i desember 2024. Deretter: kontakt emneansvarlig.
Forventet arbeidsmengde: Forelesninger 10 timer Computer øvinger 25 timer Selvstudium 90 timer
Undervisnings- og vurderingsperiode:Høstparallell
Om dette emnet
Mikrobielle samfunn har stor innvirkning på naturen og i industrielle prosesser. De utgjør det største nivået av biologisk mangfold, noe som er nødvendig for deres funksjon og rolle. Vår forståelse av denne biologien er begrenset fordi brorparten av mikrobene ikke kan dyrkes. Vi er derfor avhengig av moderne sekvensering og tilhørende bioinformatiske metoder for å kunne studere disse samfunnene. Dette emnet introduserer, utforsker og vurderer ulike teknologier og bioinformatiske verktøy for slike studier. Vi vil fokusere på metoder for å studere strukturen (metagenomikk, genom-rekonstruksjon) og funksjonen (metatranskriptomikk, metaproteomikk) i slike samfunn.
Dette lærer du
KUNNSKAP
- Evne til å designe eksperimenter og velge passende metoder og programvare
- Forklare populasjonsstrukturen i et mikrobielt samfunn
FERDIGHETER
- Utføre og vurdere assembly og taksonomisk gruppering og tolke resultatene
- Kombinere data fra ulike omikk-teknologier med tanke på funksjon hos det mikrobielle samfunnet
GENERELL KOMPETANSE
- Forklare og forstå hva som er begrensingene i metodene
Læringsaktiviteter
Læringsstøtte
Pensum
Forutsatte forkunnskaper
Vurderingsordning, hjelpemiddel og eksamen
Sensorordning
Undervisningstider
Opptakskrav