BIN315 Utvalgte emner i funksjonell genomikk

Emnet behandler bioinformatiske metoder som er essensielle bestanddeler i alle tverrfaglige prosjekter som søker å beskrive og forstå komplekse molekylærbiologiske system. Vi vil fokusere på analyse av data fra funksjonell genomikk inkludert transkriptomikk, proteomikk, metabolomikk og epigenomikk. Metodene som undervises er relevante for en rekke av FNs bærekraftsmål der moderne molekylærbiologisk forskning er en del av løsningen, inkludert mål som omhandler produksjon av mat og bioenergi.

Emnet har ukentlige forelesninger/gruppediskusjoner og veiledede øvinger på datamaskin. Forelesningene vil i hovedsak introdusere studenter for teorien bak metodene, mens øvingene vil fokusere på praktiske anvendelser.

BIN315 kompletterer emnet BIN310, som dekker bioinformatiske analyser av biologiske sekvenser.

KUNNSKAPER: Ved emnets slutt vil studentene ha grunnleggende kunnskaper om ulike data som genereres innen funksjonell genomikk («omics-data»: transkriptomikk, proteomikk, metabolomikk og epigenomikk) og kunne forklare teorien bak de mest vanlige bioinformatiske metodene for å analysere slike data. Disse metodene inkluderer bestemmelse av differensielt uttrykte gener og genmengder, maskinlæring, klyngeanalyse og nettverksanalyse, samt metoder for å integrere "omics"-data med annen biologisk informasjon som for eksempel ontologier.

FERDIGHETER: Ved emnets slutt vil studentene være i stand til å bruke ulike metoder for analyse av "omics"-data og kunne forstå og tolke resultatene fra slike analyser. Gitt et datasett og et biologisk spørsmål skal studentene være i stand til å vurdere hvilke metoder og verktøy som bør benyttes for å besvare spørsmålet.

GENERELL KOMPETANSE: Studenten skal være i stand til å utføre reproduserbare analyser av data som genereres innen funksjonell genomikk og være rustet til å tilpasse relevante metoder når nye datatyper oppstår i fremtiden.