BIN301 Genom- og stamtavle-basert prediksjon av genetisk verdi

Bruk av genominformasjon og stamtavledata til prediksjon av genetisk verdi ved bruk av blanda- (faste og tilfeldige forklaringsvariable) modell-teori, primært via en dyremodell, også med flere random effekter, samt i multivariate modeller. Motivering av modeller for levetid, modeller som brukes for kategoriske egenskaper (feks. sykdom eller lammetall), langsgående modeller, samt modellering av genotype*miljø-samspill. Prediksjonsfeil vil beregnes.

Introduksjon til estimering av varianskomponentar for tilfeldige variabler.

Eksempel fra planteforedling og husdyravl.

Studentene får en innføring til modeller brukt til prediksjon av genetisk verdi i husdyr- og plante-populasjoner, og bruken av dem i avls- og foredlings-program.

Etter å ha tatt emnet skal studentene kunne predikere genetiske verdier, og dermed òg fenotyper, basert på genom- og stamtavle-informasjon (SNP- og G-BLUP, og stamtavle-basert BLUP), med fokus på såkalte dyremodeller. Modelleringsbias blir dekket, og prediksjonsfeil blir beregnet. Studentene vil lære å sette opp mixed models i dyremodeller med flere random effekter (som i tillegg til dyr og feil kan inneholde permanent miljøeffekt av dyret, kulleffekt, og/eller ikke additive (gen) effekter), i multivariate modeller, samt introduseres til modellering av levetid, modeller som brukes for kategoriske egenskaper (feks. sykdom eller lammetall), langsgående modeller, samt modellering av genotype*miljø-samspill.

De ukentlige øvingene programmeres vha. R, men studentene vil lære å bruke kommersiell software (ASReml), til å beregne avlsverdier, samt for estimering av varianskomponenter, i enkle modeller.