HjemEmner

BIN210 Introduksjon i bioinformatikk

Studiepoeng:10

Ansvarlig fakultet:Fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap

Emneansvarlig:Lars Gustav Snipen

Campus / nettbasert:Undervises campus Ås

Undervisningens språk:Norsk

Antall plasser:1000

Frekvens:Årlig

Forventet arbeidsmengde:Forelesninger: 28 timer. Øvelser: 56 timer. Selvstudium: 166 timer.

Undervisnings- og vurderingsperiode:Emnet starter i vårparallellen. Emnet har undervisning/vurdering i vårparallellen.

Om dette emnet

Introduksjon til sekvenser og databaser. Sekvenssammenstillinger - teori og praksis. Databasesøk - BLAST og liknende verktøy. Modeller for biologiske sekvenser. Fylogeni. Genuttrykksanalyse. Temaene vil gjennomgåes omtrent i denne rekkefølgen, med ukentlige forelesninger og tilhørende praktiske oppgaver på datamaskin. Innsikt i bioinformatikk er med på å øke vår forståelse for den verden vi er en del av og vil bidra til utviklingen av bærekraftige samfunn.

Dette lærer du

KUNNSKAPER: Studentene skal få en grunnleggende kunnskap om analyse av biologiske sekvenser i form av sammenstillinger, sekvensmodeller og fylogeni. De skal også ha grunnleggende kunnskap om analyse av genuttrykksdata. De skal kunne gjengi og forklare prinsippene som metodene er bygget på.

FERDIGHETER: Det blir lagt vekt på at studentene kan håndtere vanlig brukte analyseverktøy, inkludert grunnleggende programmering i R, og forstå resultatene som de forskjellige programvarene produserer.

GENERELL KOMPETANSE: Kunne anvende de vanligste bioinformatiske verktøy, samt sette seg inn i og ta i bruk andre liknende verktøy som ikke er gjennomgått i dette emnet.

  • Læringsaktiviteter
    Forelesninger og praktiske øvelser på datamaskin.
  • Læringsstøtte
    Notater fra forelesninger vil bli gjort tilgjengelige i Canvas.
  • Pensum
    Forelesningsnotater, øvelser og utdelt materiale. Lærebok angis ved emnets start.
  • Forutsatte forkunnskaper

    Grunnleggende kunnskaper i molekylærbiologi og statistikk (BIO120/STAT100).

    Innen statistikk forventes det at studentene skal:

    • Kunne utføre deskriptiv statistikk og trekke slutninger fra denne.
    • Kjenne grunnleggende begreper og prinsipper innen sannsynlighetsteori med vekt på stokastiske variabler og deres egenskaper.
    • Være kjent med noen vanlige sannsynlighetsfordelinger, herunder normalfordelingen, binomisk fordeling, Student’s t-fordeling, f-fordeling og kji-kvadratfordelingen.
    • Forstå grunnleggende estimeringsteori, herunder hva som forståes med konfidensintervall, punktestimat, forventningsretthet og standardfeil for en estimator.
    • Omformulere enkle situasjonsbeskrivelser og problemstilling(er) til en relevant statistisk modell, og fortolke parameterne i denne.
    • Dette gjelder situasjoner som kan dekkes av enkle lineære regresjonsmodeller, enveis variansanalyse eller bivariate analyser.
    • Teste de aktuelle problemstillingene ved hjelp av formelle hypoteser, herunder sette opp aktuelle hypoteser, teste disse og gi en fortolkning av resultatet.
    • Grunnleggende ferdigheter i R/RStudio

    Dette dekkes av STAT100 eller tilsvarende kurs.

  • Anbefalte forkunnskaper
    Kunnskap i genetikk samt noe statistikk utover grunnivå.
  • Vurderingsordning, hjelpemiddel og eksamen
    Skriftlig slutteksamen (teller 100%).

    Skriftlig eksamen Karakterregel: Bokstavkarakterer Hjelpemiddel: A1 Ingen kalkulator, ingen andre hjelpemidler
  • Sensorordning
    Ekstern sensor evaluerer eksamensoppgavene og retter 25 utvalgte besvarelser.
  • Obligatorisk aktivitet
    Det vil være obligatoriske oppgaver som studentene må levere og få godkjent for å kunne gå opp til eksamen.
  • Undervisningstider
    2 timer forelesning per uke, 2 timer øvelser per uke.
  • Fortrinnsrett
    B-BIOTEK, M-BIOTEK, M-KB, M-BIAS.
  • Opptakskrav
    Realfag