I en ny doktorgrad fra NMBU tar Melcy Philip sikte på å utvikle raske og effektive bioinformatiske metoder for å kunne forutsi påvirkningen av akvakultur på havbunnen. De nye metodene kan revolusjonere overvåkningen av havbunnsedimenter og marin biodiversitet.
I sin doktorgrad har Melcy Philip hatt som mål å utvikle raske, effektive bioinformatiske metoder for å forutsi påvirkningen av akvakultursteder på bunnregionene ved hjelp av Nanopore 16S rRNA-gen data.
Her svarer hun på fire viktige spørsmål om forskningen sin:
Hvorfor er det viktig med forskning på dette området?
Det marine økosystemet spiller en kritisk rolle for miljøtilstanden, men det påvirkes sterkt av menneskelig aktivitet. Dette krever regelmessig overvåking for å begrense skade på havbunnen og gi tilstrekkelig restitusjonstid. Dagens overvåkingsmetoder er imidlertid arbeidskrevende, tidkrevende, og krever betydelig ekspertise. Derfor er det avgjørende å implementere raskere, mer effektive overvåkningsteknikker for å støtte det eksisterende systemet.
Hva var målet med arbeidet?
Målet med doktorgradsarbeidet var å utvikle bioinformatiske metoder for å kunne forutsi påvirkningen fra akvakultursteder på bunnregionene ved å bruke den nyeste tilnærmingen basert på miljø-DNA, hvor vi bruker Nanopore 16S rRNA-gen data.
Hva har du funnet?
Studien viste at med nødvendige bioinformatiske verktøy og databaser, kan Nanopore 16S rRNA-gen-data brukes for å forutsi den økologiske tilstanden til havbunnen. Videre forskning kan støtte implementeringen av denne tilnærmingen som en metode for overvåking av havbunnsedimenter og vurdering av marin biodiversitet.
Hvilken betydning kan denne forskningen ha i en større sammenheng?
Funnene fra dette arbeidet er lovende og indikerer at rask, bærbar og effektiv Nanopore-sekvensering kan bli implementert som en overvåkningsmetode i fremtiden. Denne tilnærmingen kan redusere overvåkningstiden fra måneder til bare noen få uker eller til og med dager.
om forskningen:
Melcy Philip
- Har studert master i bioinformatikk
- Er fra India
- Har skrevet doktorgrad ved NMBUs fakultet for kjemi, bioteknologi og matvitenskap.
Tittel på avhandlingen på norsk og engelsk:
- Bioinformatic Approaches for the Prediction of Seafloor Ecological State from Nanopore 16S rRNA Gene Data
- Bioinformatiske metoder for prediksjon av havbunnens økologiske tilstand fra Nanopore 16s rRNA gendata