Forskningsgruppen MiDiv Lab er en del av Faggruppa MiNDS. På MiDiv lab har vi spesielt fokus på mikroorganismer som lever i tarmen og på havbunnen.
Les mer om "Informasjon om valg av masteroppgaver ved KBM" i Canvas-rommet for studieprogrammet ditt.
Under finner du noen temaer for mulige mastergradsoppgaver hos oss.
Vi har spesielt fokus på mikroorganismer som lever i tarmen og på havbunnen. Tarmen er det stedet på jorden med høyest tetthet av mikroorganismer, og er avgjørende for helse og trivsel. Havbunnen dekker over 70 % av jordens overflate, og vi vet mindre om den enn vi vet om månens overflate. Mikroorganismene på havbunnen er avgjørende for marint liv, både gjennom produksjon av vitaminer og resirkulering av næringsstoffer.
Vår strategi går ut på å utvikle omfattende databaser som inneholder detaljert informasjon om både taksonomisk og funksjonelt mangfold i de miljøene vi undersøker, inkludert tarmen og marine sedimenter. Disse databasene vil være uvurderlige ressurser som bidrar til å oppnå grundigere kunnskap om funksjonalitet og identifisere nøkkelorganismer og prosesser som er knyttet til økosystemfunksjoner.
Vi har også en satsing på å etablere og implementere nye teknologier for stor skala screeninger, inkludert DNA-analyse og online målinger. Som en del av denne satsningen, jobber vi også med å drive innovasjon og utvikle nye teknologier som kan bidra til oppstart av nye selskaper eller bidra til eksisterende industri.
Les mer om miljøovervåkningssystemet InSacco
Eksempler på masteroppgaver:
Prosjektene nedenfor representerer ikke en fullstendig liste over potensielle prosjekter. Skreddersydde prosjekter kan også gis for studenter med spesielle interesser innen mikrobielt mangfold og overvåking. Hvis du er interessert i noen av prosjektene nedenfor, eller alternative prosjekter, vennligst kontakt meg slik at vi kan diskutere mulighetene videre.
Den menneskelige spedbarnstarm mikrobiotaen
Koloniseringen av tarmbakterier i spedbarnsalderen er avgjørende for riktig immunutvikling og tarmmodning. Ved fødselen er vi nesten sterile, mens vi bare etter noen få dagers liv blir tett kolonisert av bakterier. Hvordan og når vi skaffer oss de voksne assosierte bakteriene, er ennå ikke helt forstått. Vi har gjort flere banebrytende oppdagelser knyttet til både mor til barn-overføring av tarmbakterier, og overgangen fra en spedbarn-voksen som tarmmikrobiota.
Prosjektet vil være en del av PreventADALL, en av verdens største studier på sammenhengen mellom bakterier og allergi med en fersk publisering i verdens ledende medisinske tidsskrift Lancet. PreventADALL inkluderer et team på 50 verdensledende forskere og leger
De viktigste aktuelle forskningstemaene er knyttet til 1) å forstå rollen til bakteriell krigføring i å forme utviklingen av den menneskelige spedbarnstarmmikrobiotaen, 2) å forstå seleksjon og kryssfôring av mikroorganismer i overgangen fra en spedbarns- til voksenlignende tarmmikrobiotasammensetning, og 3) overføring av tarmbakterier fra mor til barn. Disse prosjektene er en del av UnveilMe-prosjektet på 12 millioner kroner finansiert av Norges forskningsråd.
Miljøovervåkning
Vi ser for oss at miljøovervåking vil bli et av de viktigste bioteknologifeltene i fremtiden. Vi er interessert i å utvikle nye strategier for miljøovervåking av akvakultur basert på bakterier i sedimenter. Dette prosjektet er en del av et nasjonalt arbeid for å utvikle nye standarder for miljøovervåking basert på DNA-analyser fra bakterier. Prosjektet vil både involvere grunnleggende biogeokjemiske prosesser i havet, i kombinasjon med nye sekvenseringsteknikker, noe som muliggjør overvåkingsstrategier på stedet. Prosjektet innebærer et samarbeid med Havforskningsinstituttet og Aquaplan-NIVA, i tillegg til hovednæringen i Norge, involvert i miljøovervåking i 20 millioner kroner-prosjektet AquaeD.
De mulige masterprosjektene kan knyttes til 1) å forstå hvordan akvakulturnæringen påvirker sedimentmikrobiotaens sammensetning og metabolisme, eller 2) implementering av nanoporesekvensering for miljøovervåking
Mikrobiota assosiert med laks
Laks er rovdyr og ble oppdrettet på en diett rik på fiskemel og fiskeolje inntil for rundt 15 år siden. Mangel på marine fôringredienser har tvunget til å ta i bruk en diett der >70 % nå kommer fra planter. En viktig faktor for å tilpasse laksen til et plantebasert kosthold er tarmmikrobiotaen. Likevel er kunnskapen vår svært begrenset knyttet til hvordan tarmmikrobiotaen reagerer på kostholdsendringer, og hvilken effekt dette vil ha på laksens helse.
I dette prosjektet vil vi bestemme kollektiv taksonomisk og gensammensetning av laksens mikrobiom i ulike seksjoner langs laksens mage-tarmkanal, med spesielt fokus på fersk- til sjøvannsovergangen. Vi vil også bestemme det funksjonelle repertoaret til de forskjellige taksonomiske gruppene. Et sett med omics-teknikker, som Illumina 16S rRNA-gensekvensering, haglemetagenomsekvensering og digital PCR vil bli brukt. Masterprosjektet vil være en del av en stor innsats på 40 millioner kroner for å genetisk – og funksjonelt karakterisere laks.
Anbefalte emner dersom du skal velge masteroppgave hos MiDiv lab:
Sterkt anbefalte
BIO332 – Eksperimentell molekylær mikrobiologi (10 sp)
Anbefalte
BIN310 – Utvalgte emner i mikrobiell genomikk (10 sp)
STIN300 – Statistisk programmering i R (5 sp)
BIO330 – Mikrobiell økologi og fysiologi (10 sp)
BIO233 - Eksperimentell miljømikrobiologi (10 sp)
For mer informasjon om oppgaver i MiDiv Lab, kontakt:
Mobile 980 62 412